Geologia

Can Morgat es troba en el vorell nord de la conca de l’Ebre, al peu dels relleus pirinencs de l’Alta Garrotxa. Aquesta conca es va anar omplint de sediments durant el Terciari, al mateix temps que l’orogènesi Alpina anava aixecant els Pirineus al nord i la serralada Prelitoral al sud i sud-est. Els sediments del Terciari són, principalment, margues, gresos i conglomerats i poden tenir un origen marí o continental. En temps més recents (Neogen), nombroses falles normals van tallar els relleus preexistents, donant lloc a fosses tectòniques i a la costa actual.

Les muntanyes de l'Alta Garrotxa, al nord, recullen unes pluges prou abundants en aquell sector. Les aigües, que s'infiltren dins l'aqüífer, circulen cap al sud i la tectònica i la presència de fractures en els materials que condueixen aquests cabals subterranis provoquen la seva sortida a l'exterior. Això passa al riu Fluvià, a la vall de Sant Miquel de Campmajor i al conjunt dels estanys de la conca lacustre de Banyoles. 

En el seu recorregut pels aqüífers, les aigües actuen dissolvent les calcàries i guixos damunt els quals descansa tota aquesta zona. És així com es provoquen enfonsaments de la superfície i la sobtada creació dels estanys.